黃陵廟的占地面積不是很大，建筑也不多，但卻有一定的布局，特別是其主要建筑是見證長江特大洪水的實(shí)物資料，在長江水文考古史上有其重要的地位 。黃陵廟的內(nèi)部建筑大體分為主軸線建筑和附屬建筑兩大部分。

主軸線建筑

黃陵廟座南偏西40度，廟主軸線上的建筑有山門、禹王殿、屈原殿、祖師殿(亦謂佛爺?shù)?，分別建筑在逐級(jí)升高的四個(gè)臺(tái)地上，各臺(tái)基相距高度約2米左右。

山門

山門建筑在海拔75.56米的江邊臺(tái)地上。宋代尚見有兩匹石馬的山門，清嘉慶年以前為“敕書樓”，嘉慶八年(1803年)重慶府事趙田坤見敕書樓中殿宮墻 因多年風(fēng)雨飄搖而崩塌，宦囊樂輸倡導(dǎo)重修，將敕書樓中殿改建為戲臺(tái)，并撰刻(萬世流芳)碑記至今尚存廟中。

黃陵廟現(xiàn)存山門為清光緒十二年(1886)冬季重新修建的，為穿架式磚木結(jié)構(gòu)建筑，山門外尚有石階三十三步又十八級(jí)，寓意三十三重天和十八層地獄。

禹王殿

該殿是黃陵廟現(xiàn)存建筑群的主體建筑，修建在比山門地基高19米的臺(tái)地上，為重檐歇山頂，穿斗式木結(jié)構(gòu)建筑，八架櫞屋。原為灰筒、板瓦屋面，面闊進(jìn) 深均為五開間，面闊18.44米，進(jìn)深 16.02米，柱網(wǎng)面積295.4平方米，臺(tái)明高19米，通高 17.74米。占地面積4000平方米。大殿金柱柱礎(chǔ)上園額小碑，俗稱七寸碑刻字還隱約可 見，橫批是;“永遠(yuǎn)萬世”，豎刻為“大明園湖廣荊州府歸州信士萬歷四十六年□月”。殿正面下檐匾額為陽劑“玄功萬古”四字，落款是“崇幀歲次辛 己年季春月敕日立惠王題”上檐匾額陰刻“砥定江瀾”四字，落款是“乾隆十四年歲冬己已覺羅齊格題并書”。

禹王殿內(nèi)三十六根楠木立柱均保存有1870年水平一致的洪水澄江泥痕跡，且高達(dá)37米。水淹波及闌額，下檐“玄功萬古”匾被淹浸47公分，立柱黑黃分明 ，未被洪水浸淹的上端為黑色，即本色;被洪水浸淹過的下端為淡黃色，且澄江泥至今尚敷著在立柱表面的裂縫之中。據(jù)水利部長江水利委員會(huì)的專家們 介紹，1870年長江特大洪水的水位為海拔81.16米，秒流量11萬立方米。1985年維修中，經(jīng)科學(xué)測量，確認(rèn)大殿內(nèi)三十六根楠本立柱上的水浸痕跡是長江三峽1870年特大洪水水位的歷史記錄。1985年，對(duì)禹王殿維修油飾過程中，考慮到其在長江水文歷史上的重要地位，特別于殿內(nèi)東北角保留了兩根立柱未做油漆，作為重要的水文文物標(biāo)志予以保護(hù)。

屈原殿

1860年洪水未涉及此殿，1870年洪水進(jìn)殿水深1米。此殿建筑在比禹王殿基高27米的臺(tái)地上，清雍正年間已有該殿，咸豐、同治年間重修過，抗日戰(zhàn)爭時(shí)期 被國民黨三十軍所部拆毀燒了。

祖師殿

又稱佛爺?shù)睿?870年洪水若再漲三步臺(tái)階即50厘米，水將進(jìn)入此殿。該殿建筑在比屈原殿基高15米的臺(tái)地上，據(jù)《游黃陵廟記》提供，此殿始建于明代， 且明朝歷代皇帝多信奉道教。毀敗情況同屈原殿。

武侯祠

壞于1860年洪水，毀于1870年洪水。該建筑是后人為紀(jì)念諸葛亮重建黃牛廟的功德而修，始建年代不詳。據(jù)《東湖縣志》藝文志載，明末祭祀諸葛亮于禹 王殿內(nèi)大禹像背后，候像是巾幗英雄秦良玉(1574~1648年)造，清乾隆三十五年(1772年)前便己有專把諸葛的武侯祠了，乾隆五十二年(1788年)重修 ，清人王柏心在《補(bǔ)修黃牛峽武侯祠并造像記》一文中記載得極其確鑿：“……咸豐庚申(1860年)夏，泯江大溢，祠中水深丈許，繚垣盡圯，像亦剝落 不全。”故于同治三年(1864年)郡守聶光鑒會(huì)同本任金大鏞“巳醵金若干，付主者令裝治舊像，補(bǔ)完如初，其櫞瓦穿漏者易之，其墻石之頹□者□之， 丹青廟貌，將悉還舊觀……”

同治三年(1864年)補(bǔ)修的武侯祠則被1870年大水徹底沖毀，祠內(nèi)壁嵌光緒十三年1887年)羅縉紳所撰刻的碑記中有：“光緒二年創(chuàng)高救生船只，沿江上 下拜禹廟及武侯祠肅然起敬，因咸豐庚申同治庚午兩次水災(zāi)倒塌不堪，縉紳目擊心傷……。”

武侯祠為清光緒十二年(1886年)羅縉紳重建，原本倚靠在禹王殿左側(cè)臺(tái)明處，正與禹王殿前檐基本成一條線，基礎(chǔ)比禹王殿基低70公分。建筑占地155.6 平方米，面闊12.2米，三開間，進(jìn)深12.58米，四間，穿架式磚木結(jié)構(gòu)，單檐硬山頂，小青瓦屋面，通高9.6米。

1983年對(duì)禹王殿擬定維修方案時(shí)，專家們鑒于武侯祠緊連大殿，既破壞了大殿凝重壯觀的形象，又妨礙大殿搭架施工，故將武侯祠原物遷建到大殿后東北 角，另成軸線。該建筑占地160平方米，祠內(nèi)表現(xiàn)三國歷史故事的塑像和壁畫惟妙惟肖，懸掛飄拂的帷幄中羽扇綸巾的諸葛亮座像，再現(xiàn)了諸葛亮足智多謀的形象。

玉皇閣

經(jīng)過咸豐十年、同治九年兩次大水，閣貌已傾頹無存。

此閣原建筑在黃陵廟左側(cè)，相距200米，俗稱“小廟”，黃陵廟則為“大廟”。閣基比禹王殿低42公分。廟內(nèi)的光緒十九年(1893年)《重修玉皇閣落成序 》碑中云：“夷陵上游九十里，有玉皇閣者，系黃牛輔之偉觀，宮殿巍峨與黃陵廟并傳不朽，至今百有余年……”由此可知，此閣興建年代至遲在清乾隆 年間，經(jīng)過咸豐十年、同治九年兩次大水“神像則漂流幾盡，廟貌則傾頹無存”而閣后尚存咸豐四年(1854年)和尚墓，該墓為石質(zhì)寶塔形，它經(jīng)歷了 1860年、1870年兩次大洪水而未傾覆。

光緒十九年( 1893年)重修的玉皇閣于1954年毀于白蟻危害，閣址尚存。黃陵廟明清兩代古建筑保留下來的1860年、1870年長江洪水水位的記錄與廟內(nèi)現(xiàn) 保存的1874年黃肇敏撰刻的《游黃陵廟記》、1887年的《欽加提督銜湖北宜昌總鎮(zhèn)都督府管帶水師健捷副營烏珍馬巴圖魯羅縉紳》功德碑和《重修玉皇閣 落成序》等水文碑刻中洪水記載相一致。

《宜昌府志》、《東湖縣志》洪水記載與黃陵廟古建筑保留的遺物、遺跡和歷史水文碑刻記載也基本吻合。